Mapping file error and warning details.

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Some general rules about formatting mapping files (see here for additional details):

Header characters should only contain alphanumeric and _ characters only.
Valid characters for SampleID fields are alphanumeric and . only.
Other fields allow alphanumeric and +-%./ :,;_ characters.

General issues with your mapping file (i.e., those that do not pertain to a particular cell) will be listed here, if any:

SampleID	BarcodeSequence	LinkerPrimerSequence	ReversePrimer	InputFileName	run_prefix	Roehrchenbeschriftung	PatNr	Meta_Grp	Zeitpunkt	Gruppe	Description
`A1217.10.10A`	`TTAGCAACATTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1217-10__SN1-23_X258.bam.fasta`	`TRRUA`	`10A`	`1`	`bact`	`T0`	`AB`	`A1217.10.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.10A.Roehrchenbeschriftungdp10A.PatNrdp1.ZeitpunktdpT0.GruppedpAB.Probendatumdp17.02.2016.X258`
`A1217.11.10B`	`TCTTAGCGATC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1217-11__SN1-23_X259.bam.fasta`	`TRRUA`	`10B`	`1`	`bact`	`T7`	`AB`	`A1217.11.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.10B.Roehrchenbeschriftungdp10B.PatNrdp1.ZeitpunktdpT7.GruppedpAB.Probendatumdp24.02.2016.X259`
`A1217.12.10C`	`AAGCAATCCATC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1217-12__SN1-23_X260.bam.fasta`	`TRRUA`	`10C`	`1`	`bact`	`T14`	`AB`	`A1217.12.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.10C.Roehrchenbeschriftungdp10C.PatNrdp1.ZeitpunktdpT14.GruppedpAB.Probendatumdp02.03.2016.X260`
`A1217.13.10D`	`CCAAGTTGTTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1217-13__SN1-23_X261.bam.fasta`	`TRRUA`	`10D`	`1`	`bact`	`T28`	`AB`	`A1217.13.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.10D.Roehrchenbeschriftungdp10D.PatNrdp1.ZeitpunktdpT28.GruppedpAB.Probendatumdp17.03.2016.X261`
`A1217.14.10E`	`TGGACTCAATTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1217-14__SN1-23_X262.bam.fasta`	`TRRUA`	`10E`	`1`	`bact`	`T70`	`AB`	`A1217.14.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.10E.Roehrchenbeschriftungdp10E.PatNrdp1.ZeitpunktdpT70.GruppedpAB.Probendatumdp17.06.2016.X262`
`A1218.10.11A`	`TCTGTAATTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1218-10__SN1-23_X263.bam.fasta`	`TRRUA`	`11A`	`2`	`firm`	`T0`	`AB`	`A1218.10.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.11A.Roehrchenbeschriftungdp11A.PatNrdp2.ZeitpunktdpT0.GruppedpAB.Probendatumdp18.01.2016.X263`
`A1218.11.11B`	`TTGAAGGATCGC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1218-11__SN1-23_X264.bam.fasta`	`TRRUA`	`11B`	`2`	`firm`	`T7`	`AB`	`A1218.11.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.11B.Roehrchenbeschriftungdp11B.PatNrdp2.ZeitpunktdpT7.GruppedpAB.Probendatumdp25.02.2016.X264`
`A1218.12.11C`	`TTCTACCGGC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1218-12__SN1-23_X265.bam.fasta`	`TRRUA`	`11C`	`2`	`firm`	`T14`	`AB`	`A1218.12.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.11C.Roehrchenbeschriftungdp11C.PatNrdp2.ZeitpunktdpT14.GruppedpAB.Probendatumdp01.02.2016.X265`
`A1218.13.11D`	`TGGAAGAAGGAC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1218-13__SN1-23_X266.bam.fasta`	`TRRUA`	`11D`	`2`	`firm`	`T28`	`AB`	`A1218.13.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.11D.Roehrchenbeschriftungdp11D.PatNrdp2.ZeitpunktdpT28.GruppedpAB.Probendatumdp09.02.2016.X266`
`A1218.14.11E`	`CACCATCCGGTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1218-14__SN1-23_X267.bam.fasta`	`TRRUA`	`11E`	`2`	`firm`	`T70`	`AB`	`A1218.14.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.11E.Roehrchenbeschriftungdp11E.PatNrdp2.ZeitpunktdpT70.GruppedpAB.Probendatumdp12.05.2016.X267`
`A1219.10.12A`	`CCTGCCGGAATC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1219-10__SN1-23_X268.bam.fasta`	`TRRUA`	`12A`	`3`	`bact`	`T0`	`AB`	`A1219.10.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.12A.Roehrchenbeschriftungdp12A.PatNrdp3.ZeitpunktdpT0.GruppedpAB.Probendatumdp12.05.2016.X268`
`A1219.11.12B`	`CGGCCTTCGGTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1219-11__SN1-23_X269.bam.fasta`	`TRRUA`	`12B`	`3`	`bact`	`T7`	`AB`	`A1219.11.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.12B.Roehrchenbeschriftungdp12B.PatNrdp3.ZeitpunktdpT7.GruppedpAB.Probendatumdp19.05.2016.X269`
`A1219.12.12C`	`CCTTGGCCTGGC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1219-12__SN1-23_X270.bam.fasta`	`TRRUA`	`12C`	`3`	`bact`	`T14`	`AB`	`A1219.12.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.12C.Roehrchenbeschriftungdp12C.PatNrdp3.ZeitpunktdpT14.GruppedpAB.Probendatumdp31.05.2016.X270`
`A1219.13.12D`	`CTAGTCGAATTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1219-13__SN1-23_X271.bam.fasta`	`TRRUA`	`12D`	`3`	`bact`	`T28`	`AB`	`A1219.13.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.12D.Roehrchenbeschriftungdp12D.PatNrdp3.ZeitpunktdpT28.GruppedpAB.Probendatumdp12.06.2016.X271`
`A1219.14.12E`	`TAGACGGAATTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1219-14__SN1-23_X272.bam.fasta`	`TRRUA`	`12E`	`3`	`bact`	`T70`	`AB`	`A1219.14.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.12E.Roehrchenbeschriftungdp12E.PatNrdp3.ZeitpunktdpT70.GruppedpAB.Probendatumdp01.08.2016.X272`
`A1220.14.13F.1`	`TCCTCCAAGTTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1220-14__SN1-23_X273.bam.fasta`	`TRRUA`	`13F.1`	`4`	`bact`	`T0`	`AB`	`A1220.14.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.13F.1.Roehrchenbeschriftungdp13F.1.PatNrdp4.ZeitpunktdpT0.GruppedpAB.Probendatumdp31.07.2016.X273`
`A1220.15.13E.3`	`CCTAAGCTAC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1220-15__SN1-23_X274.bam.fasta`	`TRRUA`	`13E.3`	`4`	`bact`	`T7`	`AB`	`A1220.15.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.13E.3.Roehrchenbeschriftungdp13E.3.PatNrdp4.ZeitpunktdpT7.GruppedpAB.Probendatumdp07.08.2016.X274`
`A1220.16.13C.3`	`CTAACCGATTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1220-16__SN1-23_X275.bam.fasta`	`TRRUA`	`13C.3`	`4`	`bact`	`T14`	`AB`	`A1220.16.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.13C.3.Roehrchenbeschriftungdp13C.3.PatNrdp4.ZeitpunktdpT14.GruppedpAB.Probendatumdp14.08.2016.X275`
`A1220.17.13I.3`	`TCGGAGCTTGGC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1220-17__SN1-23_X276.bam.fasta`	`TRRUA`	`13I.3`	`4`	`bact`	`T28`	`AB`	`A1220.17.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.13I.3.Roehrchenbeschriftungdp13I.3.PatNrdp4.ZeitpunktdpT28.GruppedpAB.Probendatumdp28.08.2016.X276`
`A1220.18.13B.3`	`CTAAGGTAAC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1220-18__SN1-23_X001.bam.fasta`	`TRRUA`	`13B.3`	`4`	`bact`	`T70`	`AB`	`A1220.18.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.13B.3.Roehrchenbeschriftungdp13B.3.PatNrdp4.ZeitpunktdpT70.GruppedpAB.Probendatumdp16.10.2016.X001`
`A1220.19.13G.2`	`TAAGGAGAAC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1220-19__SN1-23_X002.bam.fasta`	`TRRUA`	`13G.2`	`4`	`bact`	`T180`	`AB`	`A1220.19.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.13G.2.Roehrchenbeschriftungdp13G.2.PatNrdp4.ZeitpunktdpT180.GruppedpAB.Probendatumdp22.01.2017.X002`
`A1220.20.13J.2`	`AAGAGGATTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1220-20__SN1-23_X003.bam.fasta`	`TRRUA`	`13J.2`	`4`	`bact`	`T365`	`AB`	`A1220.20.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.13J.2.Roehrchenbeschriftungdp13J.2.PatNrdp4.ZeitpunktdpT365.GruppedpAB.Probendatumdp29.06.2017.X003`
`A1221.10.15A`	`TACCAAGATC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1221-10__SN1-23_X004.bam.fasta`	`TRRUA`	`15A`	`5`	`bact`	`T0`	`AB`	`A1221.10.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.15A.Roehrchenbeschriftungdp15A.PatNrdp5.ZeitpunktdpT0.GruppedpAB.Probendatumdp11.05.2017.X004`
`A1221.11.15B`	`CAGAAGGAAC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1221-11__SN1-23_X005.bam.fasta`	`TRRUA`	`15B`	`5`	`bact`	`T7`	`AB`	`A1221.11.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.15B.Roehrchenbeschriftungdp15B.PatNrdp5.ZeitpunktdpT7.GruppedpAB.Probendatumdp19.05.2017.X005`
`A1221.12.15C`	`CTGCAAGTTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1221-12__SN1-23_X006.bam.fasta`	`TRRUA`	`15C`	`5`	`bact`	`T14`	`AB`	`A1221.12.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.15C.Roehrchenbeschriftungdp15C.PatNrdp5.ZeitpunktdpT14.GruppedpAB.Probendatumdp25.05.2017.X006`
`A1221.13.15D`	`TTCGTGATTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1221-13__SN1-23_X007.bam.fasta`	`TRRUA`	`15D`	`5`	`bact`	`T28`	`AB`	`A1221.13.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.15D.Roehrchenbeschriftungdp15D.PatNrdp5.ZeitpunktdpT28.GruppedpAB.Probendatumdp09.06.2017.X007`
`A1221.14.15E`	`TTCCGATAAC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1221-14__SN1-23_X008.bam.fasta`	`TRRUA`	`15E`	`5`	`bact`	`T70`	`AB`	`A1221.14.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.15E.Roehrchenbeschriftungdp15E.PatNrdp5.ZeitpunktdpT70.GruppedpAB.Probendatumdp24.07.2017.X008`
`A1222.10.17A`	`TCTAACGGAC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1222-10__SN1-25_X013.bam.fasta`	`S2OLH`	`17A`	`7`	`bact`	`T0`	`KO`	`A1222.10.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.17A.Roehrchenbeschriftungdp17A.PatNrdp7.ZeitpunktdpT0.GruppedpKO.Probendatumdp29.04.2017.X013`
`A1222.11.17B`	`TTGGAGTGTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1222-11__SN1-25_X014.bam.fasta`	`S2OLH`	`17B`	`7`	`bact`	`T7`	`KO`	`A1222.11.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.17B.Roehrchenbeschriftungdp17B.PatNrdp7.ZeitpunktdpT7.GruppedpKO.Probendatumdp06.05.2017.X014`
`A1222.12.17C`	`TCTAGAGGTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1222-12__SN1-25_X015.bam.fasta`	`S2OLH`	`17C`	`7`	`bact`	`T14`	`KO`	`A1222.12.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.17C.Roehrchenbeschriftungdp17C.PatNrdp7.ZeitpunktdpT14.GruppedpKO.Probendatumdp14.05.2017.X015`
`A1222.13.17D`	`TCTGGATGAC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1222-13__SN1-25_X016.bam.fasta`	`S2OLH`	`17D`	`7`	`bact`	`T28`	`KO`	`A1222.13.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.17D.Roehrchenbeschriftungdp17D.PatNrdp7.ZeitpunktdpT28.GruppedpKO.Probendatumdp01.06.2017.X016`
`A1222.14.17E`	`TCTATTCGTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1222-14__SN1-25_X017.bam.fasta`	`S2OLH`	`17E`	`7`	`bact`	`T70`	`KO`	`A1222.14.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.17E.Roehrchenbeschriftungdp17E.PatNrdp7.ZeitpunktdpT70.GruppedpKO.Probendatumdp13.07.2017.X017`
`A1223.10.18A`	`AGGCAATTGC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1223-10__SN1-25_X018.bam.fasta`	`S2OLH`	`18A`	`8`	`NA`	`T0`	`AB`	`A1223.10.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.18A.Roehrchenbeschriftungdp18A.PatNrdp8.ZeitpunktdpT0.GruppedpAB.Probendatumdp17.07.2017.X018`
`A1223.11.18B`	`TTAGTCGGAC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1223-11__SN1-25_X019.bam.fasta`	`S2OLH`	`18B`	`8`	`NA`	`T7`	`AB`	`A1223.11.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.18B.Roehrchenbeschriftungdp18B.PatNrdp8.ZeitpunktdpT7.GruppedpAB.Probendatumdp24.07.2017.X019`
`A1223.12.18C`	`CAGATCCATC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1223-12__SN1-25_X020.bam.fasta`	`S2OLH`	`18C`	`8`	`NA`	`T14`	`AB`	`A1223.12.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.18C.Roehrchenbeschriftungdp18C.PatNrdp8.ZeitpunktdpT14.GruppedpAB.Probendatumdp31.07.2017.X020`
`A1223.13.18D`	`TCGCAATTAC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1223-13__SN1-25_X021.bam.fasta`	`S2OLH`	`18D`	`8`	`NA`	`T28`	`AB`	`A1223.13.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.18D.Roehrchenbeschriftungdp18D.PatNrdp8.ZeitpunktdpT28.GruppedpAB.Probendatumdp16.08.2017.X021`
`A1223.14.18E`	`TTCGAGACGC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1223-14__SN1-25_X022.bam.fasta`	`S2OLH`	`18E`	`8`	`NA`	`T70`	`AB`	`A1223.14.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.18E.Roehrchenbeschriftungdp18E.PatNrdp8.ZeitpunktdpT70.GruppedpAB.Probendatumdp18.10.2017.X022`
`A1224.10.2A`	`TGCCACGAAC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1224-10__SN1-25_X023.bam.fasta`	`S2OLH`	`2A`	`9`	`bact`	`T0`	`KO`	`A1224.10.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.2A.Roehrchenbeschriftungdp2A.PatNrdp9.ZeitpunktdpT0.GruppedpKO.Probendatumdp23.12.2015.X023`
`A1224.11.2B`	`AACCTCATTC`	`GATTGCCAGCAGCCGCGGTAA`	`GGACTACCAGGGTATCTAAT`	`A1224-11__SN1-25_X024.bam.fasta`	`S2OLH`	`2B`	`9`	`bact`	`T7`	`KO`	`A1224.11.SPINDELBOECK.KINDERURO.FILE.ADKK.13022018.2B.Roehrchenbeschriftungdp2B.PatNrdp9.ZeitpunktdpT7.GruppedpKO.Probendatumdp30.12.2015.X024`
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